Todos os profissionais que atuam com MSF, sejam médicos, especialistas em saúde ou de outras áreas, devem sempre honrar os seguintes princípios, descritos na carta de princípios da organização:
 

Independência
Médicos Sem Fronteiras é independente: não está atrelada a poderes políticos, militares, econômicos ou religiosos e tem liberdade de ação, decidindo onde, como e quando atuar com base em sua própria avaliação do contexto e das necessidades. Essa independência de ação é garantida por sua independência financeira, já que, de todo o financiamento de MSF, pelo menos 80% é proveniente de doações de indivíduos e da iniciativa privada.

Imparcialidade
Médicos Sem Fronteiras presta cuidados de saúde àqueles que mais precisam, sem discriminação de raça, religião, nacionalidade ou convicção política. A organização define o público que será priorizado com base, exclusivamente, na avaliação das necessidades de saúde identificadas. A possibilidade de aliviar o sofrimento de indivíduos por meio da ação médica é o que determina a norteia as atividades de Médicos Sem Fronteiras.

Neutralidade
Em situações de conflito, MSF não toma partido. A neutralidade é crucial para as equipes conseguirem chegar a qualquer pessoa afetada, independentemente do lado do conflito em que esteja. A neutralidade de MSF é possibilitada pela sua total independência financeira de governos ou partes envolvidas em conflitos.  

Transparência
MSF avalia constantemente os projetos que implementa e presta contas à sociedade e aos doadores sobre a gestão dos recursos captados e resultados de suas ações. A origem e utilização dos recursos são apresentadas de forma clara e acessível. Para reforçar esse compromisso, os relatórios financeiros são auditados por empresas independentes e redigidos em conformidade com os padrões da International Financial Reporting Standards (IFRS). São também publicados relatórios anuais, que trazem o resumo das atividades desenvolvidas em campo e análise crítica dos progressos, obstáculos e aprendizados. MSF também preza pela transparência na relação com seus pacientes e, coerente com essa transparência, informa-os sobre as escolhas que faz e sobre as decisões que toma no que se refere à sua atuação médica.

Ética médica
As ações de MSF são, acima de tudo, médicas. O trabalho da organização é norteado pelas regras da ética médica universal. Em primeiro lugar, vem o dever de prestar assistência a quem precisa, sem prejudicar indivíduos ou grupos. A ética médica fala de respeito à autonomia e à confidencialidade dos pacientes, e também de seu direito a acessar todas as informações necessárias para que possam consentir procedimentos e tomar decisões com respaldo. Cada indivíduo é tratado com dignidade e respeito e recebe cuidados médicos de qualidade.